Secara lazimnya, rumpun bahasa Austronesia dibahagi kepada beberapa kelompok. Dua kelompok utama ialah bahasa Taiwan dan bahasa Melayu-Polinesia. Kemudian rumpun bahasa Melayu-Polinesia dibahagi pula menjadi bahasa-bahasa Melayu-Polinesia Barat, Tengah dan Timur.

Di bawah ialah susur-galur pembahagian rumpun bahasa ini secara terperinci.

Austronesia

• Taiwanik
  • bahasa Atayalik
  • bahasa Tsouik
  • bahasa Paiwanik
  • bahasa Taiwanik Barat
  • bahasa Taiwanik yang terpengaruh bahasa China
• bahasa Melayu-Polinesia
  • bahasa Melayu-Polinesia Barat
    • bahasa Borneo
    • bahasa Filipina Utara
    • bahasa Filipina Tengah
    • bahasa Filipina Selatan
    • bahasa Mindanao Selatan
    • bahasa Sama-Bajau
    • bahasa Sulawesi
    • bahasa Sundik
  • bahasa Melayu-Polinesia Tengah
    • bahasa Bima-Sumba
    • bahasa Maluku Tengah
    • bahasa Maluku Tenggara
    • bahasa Timor-Flores
  • bahasa Melayu-Polinesia Timur
    • bahasa Halmahera Selatan-Papua Barat-Laut
    • bahasa Oseania

Salah satu cabang terpenting ialah cabang Sundik yang menurunkan bahasa-bahasa Austronesia dengan jumlah penutur terbesar yaitu: bahasa Jawa, bahasa Melayu (dan bahasa Indonesia), bahasa Sunda, bahasa Madura, bahasa Aceh, bahasa Batak dan bahasa Bali.